生物濾床除臭工藝采用了液體吸收和生物處理的組合作用。臭氣首先被液體（吸收劑）有選擇地吸收形成混合污水，再通過微生物的作用將其中的污染物降解。
具體過程是：先將人工篩選的特種微生物菌群固定于填料上，當污染氣體經過填料表面初期，可從污染氣體中獲得營養源的那些微生物菌群，在適宜的溫度、濕度、pH值等條件下，將會得到快速生長、繁殖，并在填料表面形成生物膜，當臭氣通過其間，有機物被生物膜表面的水層吸收后被微生物吸附和降解，得到凈化再生的水被重復使用。
污染物去除的實質是以臭氣作為營養物質被微生物吸收、代謝及利用。這一過程是微生物的相互協調的過程，比較復雜，它由物理、化學、物理化學以及生物化學反應所組成。
微生物濾床除臭過程分為三步：
（1）臭氣同水接觸并溶解到水中；
（2）水溶液中的惡臭成分被微生物吸附、吸收，惡臭成分從水中轉移至微生物體內；
（3）進入微生物細胞的惡臭成分作為營養物質為微生物所分解、利用，從而使污染物得以去除。
生物濾床除臭系統主要由集氣系統、生物濾床除臭設備、排放系統和輔助整個除臭系統的控制系統組成。
